净化工程在建设期间为防止交叉感染及积灰，吊顶、墙面、地面的装饰用材要求耐磨，不起尘、易清洗、耐腐蚀。在净化工程内要求踢脚与地面交界处必须为圆角，为避免意外事故发生，要求阳角也做成圆角，墙上做防撞板。外露的木质和石膏材料易吸湿变形、开裂、积灰、长菌、贮菌，所以要求在净化工程内不得使用这些材料。为防止空气途径的污染，进入车间内的门需设置吊挂式自动推拉门，以减少外界气流干扰，避免地面出现凹槽积污。

　　净化工程对净化空调系统的要求较为特殊和严格，禁止在净化工程内使用普通的风机盘管机组或空调器，避免发霉和滋生细菌，强调整个洁净厂房内的湿度控制。新风量按规定确定，并取其最大值。空调管路应短、直、顺，尽量减少管件，采用气流性能良好、涡流区小的管件和静压箱，管路系统不应使用软管。Ⅰ～Ⅲ级洁净厂房内集中布置于实验台上方的送风口，应使包括实验台的一定区域处于洁净气流形成的主流区内。所有洁净厂房，应采用双侧下部回风，不应采用四角或四侧回风。采用室内回风，不设余压阀向走廊回风，本室回风通过本室回风管循环解决。

　　净化工程内的给水需要冷热水兼有，供水要不间断，水量和水压要保证，并且水质要可靠。对水质标准要求较高的洁净厂房，其刷手用水除符合饮用水标准外，还宜安装除菌过滤器及紫外线等水质消毒灭菌器。给水管道不能直接连接到任何可能引起污染的卫生器具及设备上，除非在这种连接系统中，留有空气隔断装置或设有行之有效的预防回流装置。净化工程内不应设置地漏，地漏应设置在刷手间及卫生器具旁且必须加密封盖。检测实验过程中污物量较大，为了防止排水管道堵塞，适当加大净化工程的排水管道口径，可减少日常的维修量。

　　由于净化工程施工往往出现空调净化系统的施工与围护结构的施工不是一个单位承担的情况，给工程质量造成隐患，特别强调工程施工必须以空调净化为核心，统一指挥施工。为保证质量，在净化车间所在的建筑物验收之后，还应对其单独验收。由于洁净厂房是多功能的综合整体，空气洁净度或细菌浓度单项指标不能反映净化工程可以投入使用的整体性能；又由于竣工验收主要考查施工质量，综合性能全面评定主要考查设计质量，因此不能互相代替，并且只有净化工程竣工验收之后才可进行全面评定。