1、单独预处理新风。采用新风单独处理的方式，便于控制压差和洁净室的温度及湿度，可对净化系统的抢风进行预防，同时还可规避因为将全部的湿负荷交给集中新风处理而产生的其他的问题。
2、温湿调控。为了预防因为长期高温而发生毒变的情况，必须在手术室净化系统的设计上提供保障。真正的恒温恒湿控制器可以保证同时实现对温度和湿度的调控。
3、两管制净化空调的使用，并不能为全年手术室内保持稳定的环境作出保障。在整个冬季及春冬之交、秋冬之交时，手术室净化工程系统往往没有冷源而只提供热源。作为相对封闭的环境，现代手术室往往只进入新风。但从风量和温度上来看，新风不能对室内产生的热负荷进行承担，因此会使手术内过热。
4、手术室净化空调系统在冬季，依然需要冷冻水的提供。但因为冷水机组的制冷并不能时时进行，其工作的启动只有在室内产生较大的热负荷或有较高的室外环境温度时，方可自动工作。有一点需要强调的是，在冬季医院建筑都是整体供暖，所以不可避免的会使手术部产生区效应，手术部在不提供供暖的情况下，也会因为相邻区域供暖而升高温度。同时由于室内还会存在其他的供暖热备，同样会产生较高的温度，这一点往往因地区而异，在寒冷的北方，冷水机组往往只有较短的工作时间。
5、四管制手术室净化空调在夏季也需要提供热水。由于机组在高温天气下，会先进行除湿，而造成空气的的过冷，为了实现恒温恒湿，必须进行热补偿，并将空气内的相对湿度降低。尽管在机组内设有电力热补偿措施，但往往都具有较小的设计值，而且即便是采取分级启动的方法，也不容易对热量进行控制，同时还会对风温度的稳定带来影响。所以为了使手术室净化工程有较高精度的对温度和温度的控制，就要对热水进行供应。由于会受到医院配电总容量的限制，所以不可能采用较大功率的电加热。
