手术室净化对温、湿度有着特殊的要求，因为冬季医生不宜多空衣服，而病人手术部位要暴露出来，手术室内温度应比一般房间温度高些。而夏季室温过高又会引起医生和病人出汗，不利于手术部位的卫生和手术的顺利进行，气温过高甚至会引起病人和医生中暑，所以夏季手术室内温度又应比舒适性空调房间温度低些。空气的相对温度过大过小都会给病人和医生带来不舒适感，相对湿度大还容易给某些细菌提供迅速繁殖的条件并带来其它危害。因此，根据国外资料统计，手术室内应保持的空气温度：冬季为24～26℃，夏季23～26℃；全年的相对湿度为百分之55～60。

　　手术室净化对温度的要求呈现日益减小的趋势。例如在大规模集成电路生产的光刻曝光工艺中，首先与细胞壁的脂类双键起反应，穿破细胞壁，进入细胞壁内，作用于外壳脂蛋白和内面的脂多糖，使细胞的通透性发生改变，导致细胞溶解、坏死。杀菌速度极快，杀灭不同细菌有不同的浓度阈值。

　　手术室净化工程湿度过高产生的问题更多。相对湿度超过百分之55时，冷却水管壁上会结露，如果发生在装置或电路中，就会引起各种事故。相对湿度在百分之50时易生锈。此外，净化手术室湿度太高时将通过空气中的水分子把硅片表面粘着的灰尘化学吸附在表面耐难以清除。相对湿度越高,粘附的难去掉，但当相对湿度低于百分之30时，又由于静电力的作用使粒子也容易吸附于表面，同时大量半导体器件容易发生击穿。