常见的弊端是把医院的许多医疗部门的空调当做普通舒适性空调来处理。事实上，医院内一旦发生感染或交叉感染，则关系到更多的就诊患者和医护人员。因此对医院内较重要的、对病人康复及治疗影响较大的场所均设置洁净空气处理系统。手术室净化工程要求的场所主要有：洁净手术部、分娩室、ICU病房、新生儿病房、血透、血液病房、中心供应室、配置中心、生物及动物实验室等，各场所净化要求各不相同；手术室净化工程要求洁净手术部按手术室不同分别设置Ⅰ级、Ⅱ级、Ⅲ级、Ⅳ级手术室及Ⅰ～Ⅳ洁净辅助用房；ICU病房基本上参照Ⅲ级手术室辅助用房进行设计；血透室净化级别为十万级，供应室要求级别为三十万级，洁净区要求为十万级；配置中心净化级别要求为万级，洁净工作台及生物安全柜工作区要求为百级；分娩室要求按Ⅲ级手术室设计；血液病房按百级及千级要求设计；生物及动物实验室均有相应净化级别的要求，使得病人在洁净的环境下得到治疗。

由于医院内有洁净要求的房间，同时还有温湿度及压差要求，故在围护结构上均要求密封性好，不产尘，故围护结构隔热效果好，可认为属于空气调节的内区，过度季节均需要供冷。手术室净化工程空气处理的方式基本上均采用组合式空气处理机组，进行温湿度及洁净处理过程，按是否设置值班工况来区分：如不设值班工况，则经过预先处理的新风与回风混合，经过表冷/加热、加湿（冬季）、中效过滤处理后进入高效送风口送入室内；如设置值班工况，则回风经热湿处理及中效后再与预处理新风混合后进入高效送风口送入室内。

因为医院内环境要求高，空气处理机组要选择保温效果、密封性好的产品，保证漏风率在百级、千级为1%以下，其余为2%以下；手术室净化工程为保证空气品质，防止二次污染，空气处理机组在设计时应考虑在近似干工况条件下运行为佳，空气湿度的处理由预处理新风机组来完成，在选型时要求增大新风机组的盘管排数，使新风机组机器露点降低，以达到更好的除湿效果，同时设加湿器用于冬季加湿。为了维护机组在额定风量下运行，机组应配置变频器；机组内风机、电机、轴承、加湿器宜采用合资以上产品；为更好地进行管理，机组宜接入BA系统或设置独立的系统进行控制。