考虑到手术室排风中含有有害细菌、微生物等，以及有些手术室室内压力需要从正压变成负压的洁净手术室；为防止传染病患者把病菌通过空调系统传染给他人，排风口处应设置初、中、高效过滤器,并应设置排风消毒装置，这样可以有效地阻止手术室停用时室外不洁空气的进入，防止排风污染。但实际使用中存在手术室与辅助房合用排风系统，不同级别手术室排风在中效过滤器钱设置共用排放管导致跑气，排风口设置在手术室角落等现象。

因此，每间手术室均需要设置排风装置，且排风应设在靠近发生源的人的头部的上方区域，不同级别的手术室排放需单独设置，排风必须设置初效、中效过滤器，并在管道上设置定风量装置。对于正负压手术室的压力控制，最好能设置2台排风机，根据正负压需要切换排风机，正压运行时，启动低风量排风机；室内为负压运行时，启动高风量排风机。

手术室净化工程要求不管手术部采用什么系统，整个手术部要始终处于受控状态。不能因某洁净手术室停开而影响整个手术部的压力梯度分布，破坏各房之间的正压气流的定向流动，引起交叉污染。很多医院为节约成本，当一天的手术停止后其机组全部关闭，导致手术室内压力差全无，相互串风；下次使用前需要较长时间才能达到手术要求标准，对于需要做介入手术等高要求的房间则自静时间更长。因此，手术室关闭后仍希望维持正压风量运行，建议采用分散空调机组与独立的新风(正压送风)组合系统，可使每间手术室净化空调和维持正压两大功能分离，又能将整个洁净手术部联系在一起。手术部工作期间两个系统同时运行，不会像常规空调系统因保持室内正压，减少回风量或增加新风量,而引起手术室净化工程系统的不稳定性。

当手术部中只有部分手术室工作期间，只需运行部分手术室的独立空调机组和正压送风系统，既保证部分手术室正常工作，又保证整个手术部的正常压力分布和定向空气流动。在手术部非工作期间，只运行正压送风系统，维持整个手术部正压，可大大降低温湿度要求，保持其洁净无菌状态，使整个洁净手术部管理灵活、方便。如采用分散式空调系统，则各空调机组最好设定运行风量和正压风量两档。