因GMP净化车间工艺复杂，功能性划分较细，净化空调系统划分也较多，因此对后期调试及生产过程中的风量平衡提出了一定的要求。为了风量的平衡系统有着较快的响应时间及可靠性，通常在整个净化空调系统中增加各种控制阀门来对整个系统的风量平衡进行控制。常用的有在线风量测量筒、远程测控阀、定风量阀、变风量阀及压差电动阀等。其中定、变风量阀保证送风风量恒定或在合理的范围内，而压差电动阀控制回风风量以保证室内正压要求。而在线风量测量筒的作用在于净化空调机组依据GMP净化车间的生产工艺要求可分为生产模式、消毒模式、排毒模式及值班模式下，不同模式下的系统运行有不同的风量要求。风量平衡应满足系统不同模式下的风量要求。通过在线风量筒精确测量当前系统风量，输出信号给自动控制系统，由控制系统预设不同工况下的风量需求与检测值比较控制调节系统的风机运行、风阀执行器以实现系统风量的调节。同时GMP净化车间在不同模式下的送风量也对应不同，这就要求远程测控阀能够接受系统的实际设定风量，并能够自动稳定以保证系统稳定在规定的压差范围内。

在GMP净化车间实际生产过程中，由于机器的运行、工作人员的流动以及建筑物表面等多方面原因，均可能导致细菌的产生，所以在GMP净化车间开展空气消毒工作就显得尤为必要。传统的消毒方式采用的是化学熏蒸法进行灭菌，但灭菌后存在于室内的残留气体的排出只是单纯的依靠在室内装置的排风系统进行排出，成功的将全部残留气体均排出，还需要一个相当长的时间。

为更加高效地实现消毒灭菌及灭菌处理后的排风时间问题，在设计过程中将总回风管与GMP净化车间之间设置一旁路排风管，并由一中效过滤排风机接入室外。由于臭氧具有强烈地消毒杀菌作用，而且臭氧本身对人体也无害并对环境不存在任何污染，在洁净区的杀菌消毒工作中有效地应用臭氧，其效果要明显的优于传统的化学熏蒸法。因此，在净化空调的送风风机段设置臭氧发生器或者将臭氧发生器设置在空调机房，并由软管接入净化空调系统是现在常用的一种消毒手段。在空调系统正常运行时，送风机、新风及回风电动阀开启，消毒排风机及相应排风电动阀关闭；消毒时，关闭新风电动阀，开启臭氧发生器进行消毒灭菌。消毒完毕后，开启新风电动阀、送风机，关闭回风电动阀，排除剩余消毒气体后即可正常运行。由于此种灭菌方法一般时间比较短，适当地增加排风风机的风量即可获得较少的循环次数，操作也较简单，因此是GMP净化车间消毒常用的一种运行方式。