为了减少周围环境对洁净车间的影响，洁净室一般宜布置在人流活动少的部位。当多间洁净室组合时可以用走廊相互联系。为了避免干扰，有利于空调系统布置，不同级别的洁净室，应相对集中，并且由低洁净度区向高洁净度区顺序排列，保证洁净度要求高的房间处于有利的位置。也可将洁净度要求较高的房间设置在洁净度要求较低的房间里。设计时要严防人流、货流的交叉重叠。净化处理用房一般宜紧靠洁净室，以便经过清洗的人员和物料直接进入洁净室，避免再次污染。洁净室一般造价较高，所以在满足生产及气流组织前提下，要尽量压缩其面积和体积。在工艺生产许可时，相同级别的洁净室宜采用小房间的组合形式，但间隔的板壁构造要便于拆装，以适应工艺生产变更的需要。当洁净车间需要设置沉降缝时，应避开洁净室布置。