特殊的建筑特征应满足工艺要求。洁净车间设计主要取决于三个基本因素，一是设备和操作需要的基本空间尺寸；二是各工序需要的洁净度级别；三是适合的空气净化措施。在设计中，洁净厂房的结构、跨度、层高面积，辅助空间形式以及防火疏散措施等，都是根据上述三者之间的相互配合和制约完成的。

　　在制药工艺中，各工序之间的联系比较紧密，所需要的洁净级别也不同，这样在洁净车间设计中往往根据不同工艺流水段采用小跨度、大面积，高空间。同时设置结构夹层，造成多种类型管道有隐蔽的空间，增强了全部净化和局部净化的灵活性。因此，在方案确定时，就应很好地掌握这个尺度，以达到面积、高度、承载力和各种管线走向等方面的要求。

　　机房与管线的关系。直接为洁净车间服务的机房，大多数不可能脱离洁净厂房单独设置。应以管道短的走向，达到好的净化效果为原则。与机房布局相关的另一问题是厂房内部管线组织。洁净车间内管线较多，如送风、回风、除尘、给水、排水、供暖、供气、工艺管路、可燃气体、动力电力、照明线路、自控、消防、广播，电话等，这些都有不同的技术安全要求；而在洁净车间又往往需要隐蔽敷设，怎样把它们组织适当，台理利用各种夹层、吊顶、空间，不仅需要协作设计，同时还需要设计者熟悉机房、管网的基本技术规律。

　　解决人体污染。在生产的全过程中，人是造成生产环境污染的重要污染源。通常需对进入洁净车间人员的裸露体表、工作服采取不同程度的净化措施，这是洁净车间建筑设计中不可缺少的内容。在洁净车间平面设计中往往采用一次更衣、二次更衣、风淋、水淋等多种办法解决，这些现已有可供设计和应用的成果。