海南净化工程的性能确认主要内容是悬浮粒子与活微生物测定，活微生物测定是确定空气中浮游的生物微粒浓度和生物微粒沉降密度，测定有浮游菌和沉降菌两种测定方法。浮游菌宜采用基于撞击机理的采样器进行测定，有狭缝式和离心式两种形式，利用真空或内部风扇使空气中的活微生物粒子撞击并沉积在培养基上，然后进行培养计数。

　　海南净化工程的采样应按浮游菌测试方法的有关规定进行，验证时浮游菌的采样点及数目与悬浮粒子测定相同，即在同悬浮粒子相同的测定点采样。目前海南净化工程监测的采样点数由生产工艺的关键操作点确定，10000级最少测1点，100000级最少测点数无规定。沉降菌是用暴露法收集降落在培养皿中的活生物性粒子，经培养、繁殖后计数得到，采样时培养皿暴露30min，然后再30-50℃条件下经48H后计数，培养皿应布置在有代表性的地点和气流扰动极小的地点。

　　海南净化工程虽有空调净化系统使活微生物控制在规定范围内，但实际生产时，由于机器的运行、人员的进出、物料的流动，细菌的浸入和粉尘的产生是不可避免的，因此海南净化工程每天必须有足够时间用于清洁和消毒。海南净化工程常见的表面消毒方法有紫外线灯照射、臭氧接触、气体熏蒸、消毒液喷洒等，其过程是房间清洁之后进行消毒，消毒结束后再次清洁。臭氧是无污染消毒剂，具有强烈的杀菌消毒作用，一般通过高频臭氧发生器获得，消毒时将发生器置于总送风或总回风管道，利用空气作为载体，使臭氧扩散到每个净化车间，对空气灭菌消毒时间为1H,净化车间全面消毒需2-2.5H。

　　对100级及1000级洁净室每日应以消毒清洁剂擦拭门窗、地面、墙面、室内用具及设备外壁，每周应擦拭室内一切表面，包括墙面机顶棚；更换品种时，必须将顶棚、墙面、地板用消毒剂擦拭干净，接触药物的容器、器件洗涤干净后灭菌，工具、台板用无菌冲洗后，再用消毒剂擦洗。海南净化工程常用消毒效果验证主要有指示剂试验和表面污染试验等方法。海南净化工程表面污染试验主要有真空吸引法、培养皿接触法及棉球擦抹法，其中棉球擦抹法最为常用，将湿润的灭菌脂棉或纱布擦拭待测表面，经过浸出液的培养，可观察有无细菌生长。