在净化工程中，过滤器一直起着很大的作用，
手术室净化标准单元的净化级别和过滤器的过滤效率直接相连，对于只有普通净化级别要求的手术单元一般配置亚高效过滤器。而对特殊净化手术室相应的在末端配置高效过滤器。末端空气过滤器的DOP效率不低于99.97%。为了提高末端过滤器的使用寿命净化空调循环机组应采用三级过滤的形式。
为了提高能源利用率，在手术室净化标准系统设计中注意节能技术的应用，由于整个手术部中存在只有部分手术室使用的情况，故对独立设置的新风机和排风机进行连动控制，即新风机(变频)随着手术室使用数量的增加而自动增加，直至满负荷。排风机也相应地开启，(排风机也采用变频机)这样就可根据风量的不同而采用不同转速，从而达到节电的目的。
如果整个手术室系统中手术单元比较多，在晚间使用低峰时应有几间可以单独使用带独立冷热源的手术室,这样整个冷冻系统不开启，而只开启带独立冷热源的手术室，以达到节能的目的。
在热回收方面，可采用显热回收的方法回收排风系统中的废能量，用以预冷预热新风，从而减小新风机的能量消耗，达到节能的目的。手术室净化标准中也有采用卡萨巴全热回收装置对新排风进行处理的，该装置集能量回收和杀菌消毒于一体，通过化学溶液喷淋来实现能量的转换和消毒的作用。从而实现预冷和预热新风的目的。
