洁净厂房内部的洁净操作空间，因受区域划分、房间组合、管道敷设以及构造装修等各方面的具体条件限制，车间净化公司往往难于直接利用厂房的外壳作为洁净室的大部分围护结构，绝大多数还要附加顶棚、隔断以及靠近厂房外墙设置某些附加构造层，来作为洁净室的围护结构。所以洁净厂房的装配化实际上包含两部分各自独立的内容，一是厂房外壳和主体结构的装配化，二是厂房内部洁净室围护结构的装配化。

厂房内部洁净室围护结构的装配化是充分利用洁净厂房外壳和主体结构作为洁净室围护结构的支承物，把洁净室围护结构-顶棚、隔墙、门窗等配件和构造纳入整个洁净厂房的内装修而实现装配化，简称内装修装配化，它能适应洁净室规模大，需要使用整幢或大部分厂房空间才能满足生产需要，房间的平面布置、空间组合以及气流类型等均较复杂的工程。这种情况下需要车间净化公司着重解决的问题是：如何在厂房内部大量采用商品化的建筑材料与配件同系列化的专用装置相配合，构成洁净室的使用空间；最大限度地排除施工中的湿作业，简化施工操作和施工组织，合理安排各种工序之间的衔接，既保证构造质量，又加快建设进度；并在一定程度上为厂房内部工艺的局部灵活调整创造条件。

另外一种途径，是在新建或者原有的厂房楼地板上，脱开厂房外壳及其主体结构，自成体系地架立一套定型加工的轻便构配件，组装成为单间或多间的装配型洁净室，简称为自立式装配型洁净室。它适用于规模小，房间划分及洁净度要求比较单一，特别是在利用已有建筑物进行技术改造而又仅需小尺寸洁净室的情况。车间净化公司把这种类型的洁净室编制出不同尺寸单元房间的定型设计，由承制工厂将其围护结构预制加工为成套的轻质构件(仅用于支承小室本身)和配件，甚至再自带独立的空气过滤机组，作为系列化产品，由用户按定型产品订购，发货到现场，在室内就位组装，基本独立于外围的厂房，安装方便，很快投人使用。目前这种做法已常用于组装单间洁净室。但如洁净室是多个房间且各有不同的气流流型，采取定型单间式装配型洁净室已不符合要求时，也可以委托承制厂加工多间组合装配型洁净室或模块。