1 、设备方面的采购和选择方面的问题
这方面的问题主要表现在：
（1）大多数药厂车间净化的投资方首要考虑的是设备的制冷主机是否便宜和廉价，因此就没有严格的按照有效的性价比来确定好主机设备的生产厂家。
（2）选择制冷主机的类型不够恰当，药厂车间净化设计人员和投资方没有进行有效的沟通，所以对于建筑物当中的各层房间的特点和使用途径完全相对陌生，因此大多数情况都会选择同一种类型的制冷主机来进行供冷操作。
（3）冷却水泵和冷冻水泵所具有的扬程和流量过大，有很多药厂车间净化设计人员并没有对冷却水系统以及冷冻水系统来进行水力计算，大多数情况下都是依靠其本身所具有的经营来对系统的阻力进行估算，需要注意的是，在一些封闭式的冷冻水系统当中则需要考虑建筑物方面的楼层高度。
2、 药厂车间净化风系统方面的问题
风系统方面的设计问题主要有：
（1）风机盘管的加新风系统。这主要应用在办公楼等相关的建筑物空调设计方面，可以从中发现很多新风支管，并将此类支管直接连接到风机盘管的回风箱上。
（2）新风口和排风口的位置设置不当。通常，新风口和排风口的位置或者高度过于相近、或者高度相同、新风口高排风口低等多种不当设置会导致短路情况的发生，甚至还有一些直接将新风口设置在卫生间的外窗上，明显是一种设置不当的情况。
（3）风机盘在运行过程当中所造成的噪声超标。这很有可能是因为风机盘管的吊杆长短不一，受力不平衡所造成的，也有可能是由于管道和风机盘之间没有采取帆布软接头的连接方式。有时是由于排风口和风机盘之间的连接不够机密所造成的，从而出现螺栓松动的情况。
3、药厂车间净化水系统设计方面的问题
水系统设计方面的问题主要表现在：
（1）冷凝水的排水处理问题。有些设计人员会将整层的冷凝水集中到冷凝立管当中进行排放，造成冷凝水排水的距离过远，导致天花板的高度限制排水的有效坡度，从而出现冷凝水排水不畅，甚至直接出现漏水的情况。
（2）同程式和异程式。这两者具有明显的区别，其中同程式能够有效的解决系统当中的水利平衡的问题，从而保证其供给的末端所需冷水流量充足，而在药厂车间净化空调水系统的设计当中，就需要重视系统方面的水利计算，尽量采取同程式的系统。
（3）空调管道当中产生冷凝露水，这是由于空气中的水蒸气遇到低温空调水管道而产生结露的情况，同时也有可能是由于图纸的标注不清晰或者是相应的保温层设计的厚度无法满足
净化工程的要求等。
