生物洁净工程是在工业洁净工程的技术基础上发展起来的。美国宇航局最早开始对生物洁净工程进行探索，为了防止地球上的微生物传播到外层空间，以及防止从外层空间采集到的样品中未知物扩散到地球或被地球上的微生物所污染，开展了一系列的研究工作， 1962年在一个生物洁净室中对被火箭送上太空的狗施行手术。

1966年1月在美国新墨西哥州世界上第一个无菌手术工程建成；英国的一名整形外科医生也在进行多次防止空气中微生物引起感染的净化空调送风系统改进后，于1966年6月建成类似于垂直单向流的洁净工程。“单向流手术室的设计与建造”、“生物洁净手术室使用指南”等技术资料的制订、发表，对发展、指导生物洁净工程的发展起了积极作用。

药品是用于预防、治疗疾病和恢复、调整机体功能的特殊商品，它的质量直接关系到人的健康和安危。药品质量除直接反映在药效和安全性外，还表现在药品质量的稳定性和一致性上，一些药品在制造过程中由于受到微生物、尘粒等污染或交叉污染，可能会引起预料不到的疾病或危害。

1965~1966年间瑞典曾发生甲状腺药片沙门杆菌污染事故，突发性沙门杆菌患者多达206人。混药与交叉污染对药品质量的危害和严重后果是十分明显的，这种危害随药品品种和污染类型的不同而有所不同，对青霉素类等高致敏性药、某些激素类甾体药物等所引起的污染最危险，据报道1965~1966年美国曾发生过非青霉素药品中混有青霉素而被迫回收的事件，为杜绝此类事件以及因混药或交叉污染而引起的质量事故的发生，在各国的“药品生产质量管理规范”(GMP)中对药品生产的空气洁净度都作了严格的规定。空气中细菌的大小多为0.5-10um，利用高效过滤器基本上可以去除；病毒的大小为0.01~0.3um，其中大部分附着于悬浮尘粒上，也可利用高效过滤器去除。

生物洁净工程的空气洁净度等级通常为5级(100级)、7级(10 000级)、8级(100 000级)和大于8级(100 000级)，由使用情况或产品及其采用的生产工艺的不同而确定。虽然生物洁净工程的空气洁净度没有以集成电路为代表的工业洁净工程严格但由于生物洁净工程对空气中污染物控制的对象是尘粒和微生物，所以它具有与工业洁净工程不同的要求和特点。