洁净工程设计首先要了解所设计的洁净工程的用途、使用情况、生产工艺特点等，比如设计的是集成电路生产用洁净工程，首先要弄清楚产品的特性-集成度、特形尺寸和生产工艺特点；对洁净工程的要求-空气洁净度等级、温湿度及其控制范围、防微振、防静电和高纯物质的供应要求等；其次要充分了解业主拟采用的生产工艺、工艺设备情况和对工艺布局的设想。
在此之后，设计人员应协同业主确定洁净厂房各功能区的区划，确定各类生产工序(房间)的空气洁净度等级和各种控制参数-温度、相对湿度、压差、微振动、高纯物质的纯度及杂质含量；初步选择洁净工程的气流流型并进行净化空调系统的初步估算及设计方案的对比、确定；进行洁净厂房的平面布置、空间布置，此时必须首先安排好产品生产区与生产辅助区、动力公用设施区的合理布局，通常是顺应产品的生产工艺流程，在确保产品生产环境要求的情况下做到有利于产品生产的操作、管理，有利于节约能源、降低生产成本。
在进行洁净工程的平面布局时必须符合国家的现行规范中有关安全生产、消防、环保和职业卫生方面的各种要求；在进行洁净工程平面布局时应充分考虑人流、物流的安排，尽力做到短捷、流畅。在空间设计时应充分考虑产品生产过程和洁净工程内各种管线、物流运输的合理安排。在确定洁净厂房的平面、空间布置后，对
洁净工程设计涉及的各个专业提出设计内容、技术要求及设计中应注意的相关问题。
