进入净化车间的空气要与净化车间的洁净等级、温度和湿度相适应，空气不仅要经过一系列的净化处理，而且要经过加热、冷却或加热、去湿处理。净化空调系统的初效和中效过滤器一般集中布置在空调机房，而高效过滤器常布置在净化空调系统的末端，如净化车间的顶棚上，以防送入的净化空气再次受到污染；若净化车间的洁净度低于100000级，则净化空调系统中可不设高效过滤器；若车间内存在易燃易爆气体或粉尘，则净化空调系统不能采用回风，以防易燃易爆物质的积聚。制药厂质检中心的无菌室常采用分散式柜式空调送风的环境中设置局部净化装置，构成分散式送风的净化空调系统。

　　净化车间的净化方案有全室净化、局部净化、洁净隧道。全室净化以集中净化空调系统，在整个房间内造成具有相同洁净度环境的净化处理方式，这是净化车间技术中最早发展起来的一种方式，并且现在也仍然被采用，这种方式适合于工艺设备高大、数量很多，且室内要求相同洁净度场所，但这种方式投资大、运行管理复杂、建设周期长。洁净隧道，以两条层流工艺区和中间的乱流操作活动区组成隧道形洁净环境的净化处理方式，这是全室净化与局部净化向结合的典型，是目前推广采用的净化车间方式。

　　局部净化以净化空调器或局部净化设备，如洁净工作台、层流罩、栅式垂直层流单元等，在一般空调环境中造成局部区域具有一定洁净度级别环境的净化处理方式，这种方式适合于生产批量较小或利用原有厂房进行技术改造的场所，目前净化工程中应用最广泛的是全室净化与局部净化相结合的净化处理方式，它既能保证净化车间具有一定洁净度，又能在局部区域实现高洁净度环境，从而达到既满足生产对高洁净度环境的要求，又节约能源的双重目的；例如100级洁净度的操作工段，当生产批量较小时，只要在洁净度较低的乱流净化车间内，利用洁净工作台或层流罩等局部净化设备，就能实现全室净化与局部净化相结合的净化方式。