净化工程厂房室内的排水设备以及与重力回水管道相连接的设备，必须在其排出口以下部位设水封装置。排水系统应设有完善的透气装置。

净化工程厂房室内重力排水系统的水封和透气装置对于维持洁净室内各项技术指标是极其重要的。除了对于一般厂房防止臭气进入外，对于净化工程厂房若不能保持水封会产生室内外空气对流。在正常工作时，净化工程厂房内的洁净空气会通过排水管向外渗漏；当通风系统停止工作时，室外非洁净空气会向室内倒灌,影响洁净室的洁净度、温湿度，并消耗洁净室的冷量。

净化工程厂房的地漏等排水设施的设置应符合下列要求

净化工程厂房内应采用不易积存污物，易于清洗的卫生设备、管道、管架及其附件。为了从各个方面维护洁净厂房的洁净度，一般净化工程厂房内的卫生器具均采用白陶瓷或不锈钢制品，而不用水磨石或水泥制品。明露的卫生器具和工艺设备配件尽量选用表面光滑易于清洗的高档的镀铬或工程塑料制品等。

净化工程厂房宜设置消防排水措施，考虑到洁净厂房内设备、仪器比较贵重或其制成品价值昂贵，消防后应尽快排除积水，特别是仓库、夹层等处更应尽量避免被积水浸泡，以便减少损失。

厂房的卫生设备及其配件的选择是非常重要的。首先卫生间的整体设计应达到宾馆级的标准,其次是卫生洁具的选择也应达到相应的标准。另外，地漏的选择也非常重要，应选用带盖的不锈钢洁净地漏以及无菌地漏、防臭地漏等。