合理的气流组织考虑到洁净手术室保护区域较小，要尽量采用局部送风的方式。由于手术切口不同，愈合要求不同，保护等级不一，要求的送风气流特性也不同。一般来说，合理的洁净手术室内气流组织能防止细菌粒子的积聚并将其迅速排除，有效地保护关键区域。室内气流组织的理想状况应具备以下几个特征:

①明显的置换流流型；

②使室内的关键区域处于有效的气流控制之中；

③满足人员的热舒适要求；

④送风量较小；

⑤对室内的医疗设备影响小；

⑥对手术人员的影响小；

⑦不妨碍手术人员的工作；

⑧有效地排除气味和麻醉气体。

洁净手术室内气流流态通常分为乱流和单向流（俗称层流）。当然对于洁净手术室来说强调绝对的流态没有意义，气流形式或送风装置的选择都应该着眼于采取经济有效的技术手段来降低污染度。高级别手术室需保持单向流态，其工作面的截面风速和均匀性也有严格要求，一般送风口都要求设置一定的均流层。单向流态可以分为垂直层流和水平层流。关于这两者的采用，目前我国在新建的高级别洁净手术室内，已不采用水平单向流。局部单向流已经广泛取代全室单向流。如今对较低级别手术室，既不要求气流为单向流态，也不希望随意分散布置风口，大多将风口集中布置在手术区域上方，认为这种上送下回方式对关键区域保护效果最好。体现了不同于以往层流或乱流的典型作法，不强调气流的挤压效应或稀释效应，而是把洁净、无菌气流充填到手术区域，以此降低关键区域的细菌浓度。可见I级特别洁净手术室采用单向流气流方式，是挤排的原理。II，III级洁净手术室由于出风速度较低，未能有足够的动量以保持单向流，采用的是一种低紊流度的置换气流，是充填的原理；IV级准洁净手术室使用混合送风气流，是稀释的原理。只要求采用上送风方式，对送风口布置不作特殊的要求和规定。

为使送风气流能覆盖手术台，不使洁净气流短路，要求回风口上边高度不超过地面之上0.5 m，下边离地面不低于0.1 m。回风口处气流速度不应大于2 m/s。根据国内科研成果，认为在洁净手术室侧墙下部回风的效果最好，比手术室四角回风更理想。当手术部宽度不超过3 m时可以用单侧下部回风；宽度超过3 m的洁净手术室应在长侧墙的两侧下部回风。I级洁净手术室的条形回风口宜连续布置，使手术区无菌效果更佳。

尽管单向流的净化效果得到一致的公认，可以达到无菌、无尘的效果。但至今不能证明其能有效地降低术后的感染率。将它作为高风险手术的保障，还是可取的。由于其费用太高，我国开发出来带阻漏层的送风天棚，使得送风装置厚度大大降低，适用范围更广。如采用阻漏层时，相当于高效过滤器后再串联一个具有亚高效过滤效率的滤层，这样即使高效过滤器某点渗漏，粒子也会在静压箱被洁净空气所混掺、稀释、过滤，而不会影响到送风浓度。还能使出风速度更均匀，浓度分布也更为均匀。

洁净手术室气流应该采用本室自行循环回风，不应设余压阀向走廊回风。室内多余的风量应排到室外，在手术室顶部设置排风口，其位置宜在病人头侧，这样才能有效排除室内的有害气体和不良气味。排风口顺排风方向上应设过滤器和单向阀或电动密闭风阀，排风机位于其后，排风口设置防雨格栅，以免排风机及其管路受污染。