层流手术室的清洁卫生工作必不可少，与普通手术室一样，每次手术完毕都应彻底清除污液、敷料等杂物，并用消毒液拖净地面，每周彻底大扫除一次，并用消毒液擦洗墙面。严格执行消毒隔离制度，对特殊感染的手术病人必须按规定进行消毒处理，对气流循环造成的死角应重点清扫消毒。

层流手术室空气净化系统应在术前半小时开机，长时间不用的手术间应提前3小时开机。定期做好系统过滤器的清洗更换工作，采用天花板送风的网孔板每月清洗一次，回风口过滤网每周大扫除时都应拆开清洗，再用消毒液擦拭。人身净化通道的清洁消毒工作应与层流手术室的清洁消毒同步进行，每天做好清洁工作，并用消毒液擦洗气闸室、空气吹淋室的表面。

在手术室大门及无菌区入口处铺设容易清洗并可以用消毒液浸泡的地垫，每日更换，对进出的推车车轮起到除尘和消毒作用。另外，还要增加交换区清洁地面的次数。通过检测证明手术床垫、体位垫的污染是相当严重的，应该引起重视。每次手术完毕先用消毒液擦拭，暂不铺手术巾，使手术床垫及体位垫直接暴露在紫外线下照射30分钟，紫外线灯管最好距离床垫30厘米。手术间踏脚凳可用同样方法进行清毒，踏脚凳底部朝向紫外线灯管，以加强清毒效果。

严格区分有菌区、无菌区及办公区的拖布。每次使用后必须反复冲洗，有条件的可用开水烫过，再用消毒液浸泡30分钟，悬挂于通风干燥处。各手术间应有专用抹布，每日用消毒液浸泡后再使用。手术室水池每日除用消毒液刷洗水池内壁外，每日手术完毕后，向下水孔周围倾倒稍浓的消毒液以清除污染源。手术室医护人员不能过分依赖层流手术室的空气净化系统，必须加强工作责任心，严格执行消毒隔离制度，认真及时地清除污染源，消灭卫生死角，切断微生物传播途径，确保层流手术室的消毒质量，从而有效地控制医院感染。