首先，是利用过滤器有效的控制送入室内的全部空气的洁净度，由于细菌都会依附在微粒上，微粒过滤同时也滤掉了细菌。
其次，是利用合理的气流组织排出已经发生的污染，由送风口送入洁净空气，使室内产生的微粒和细菌被洁净空气稀释后强迫其由回风口进入系统的回风管路，在空调设备的混合段和从室外引入的经过过滤的新风混合，再经过进一步过滤后又进入室内，通过反复的循环就可以把污染控制在一个稳定的水平上，这个水平就应该低于相应的洁净度级别。
最后，通过调整，使不同级别洁净室室内的空气静压大于5帕，与室外大气大于10帕，防止外界污染或交叉污染从门或各种缝隙部位侵入室内。
医疗器械净化车间通过净化隔绝或排出污染：合理设计建立的净化车间和有效的管理在无菌医疗器械生产中会体现出非常优越的性能。通过对墙体、地板、屋顶、管线、水源、照明等功能设计达到内部的洁净环境。通过空气的三级过滤使进入洁净室的空气能够通过人员和物料的净化程序隔绝和消除外来污染。通过气流组织、压差和换气次数等参数抑制微生物、微粒的污染，能够排除由于光、味道、相对湿度等导致的任何质量损害，通过严格的工艺纪律达到避免交叉污染的目的。
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