洁净车间的净化空调系统根据大气含尘浓度、大气中各种污染物浓度和产品生产工艺特点及要求配置各类空气过滤器-粗效、中效、高中效、亚高效和高效、超高效以及化学过滤器等。具体
洁净车间设计中净化空调系统的空气过滤器的配置和选用应根据洁净室的空气洁净度等级和产品，生产工艺的特殊要求合理配管和选用。对于6级和比6级洁净度差的洁净室的净化空调系统通常采用三级空气过滤，即粗效、中效和高效过滤器；粗效、中效(或中高效)过滤器，通常设在空气处理装置(AHU)内，且将中效或中高效设在正压段：高效或亚高效过滤器一般设在洁净室内净化空调系统的末端，也有将高效过滤器集中设在集中的空气处理装置(AHU)内，但此时，应对送风管道提出严格的清洁要求，以避免净化后的空气被污染。对于5级(100级)和更严格的洁净室的净化空调系统中空气过滤器的配置，应根据
洁净车间设计方案及采用的净化空调系统的要求配置各类过滤器，比如有的集成电路生产用4级(0.1um)和更严要求的洁净室采用新风集中处理，为了严格去除大气中的微粒和各种污染物，通常在新风处理装置中设置粗效、中效(中高效)、亚高效甚至高效过滤器和化学过滤器或水喷淋装置等；在洁净室的循环风系统还设有高效、超高效和化学过滤器等。
空气过滤器的额定风量是过滤器在一定的滤速下，过滤器效率和阻力合理选择时的风量；所以在确定空气过滤器型号规格时,一般应按小于或等于额定风量选用。有时在具体洁净车间设计中经过技术经济比较和实际可能，常常小于额定风量选用过滤器，使阻力降低，可使净化空调系统的运行能量消耗下降，若采用模压法制作过滤器可将过滤器阻力进一步降低，有利于降低净化空调系统的能耗。
中效过滤器宜集中设在系统的正压段，这是考虑到若设在负压段时，易使没有经过中效空气过滤器过滤的污染物较多的空气漏人系统中增加后续的高效过滤器等的负荷，缩短高效过滤器等的使用寿命。净化空调系统中的高效过滤器作为末端过滤器时，宜设在净化空调系统的末端，一般设在洁净室的顶棚上；对可能产生有害气体或有害微生物的洁净室，其高效过滤器的设置应尽量靠近洁净室，以防止这些有害污染物污染管道或由于管道漏风使未经过滤的脏空气污染生产环境；超高效过滤器必须设置在净化空调系统的末端，以确保洁净室所需的空气洁净度等级；为便于洁净室内风量分配及室内平面风速场的调整，一般将阻力、效率相近的高效过滤器安装在同一洁净室或洁净区，使系统阻力容易平衡。
洁净车间设计者在进行空气过滤器选型时最为关注的是过滤器在额定风量下的效率、阻力等主要性能参数，这些性能参数在各个国家地区均有各自的标准规定及相应的检测方法，各过滤器生产厂家也根据以上标准制定自己的产品标准提供给用户，其中过滤器效率的标准、试验方法各不相同，欧洲在20世纪70年代便推出了EU系列空气过滤器标准，1996年美国也推出以C1~C4， L5~L7，M9 ~M12， H13-H16， UH17 ~ UH20的过滤器效率分级标准：我国制定的空气过滤器和高效空气过滤器的国家标准的过滤器效率分级为粗效、中效、高中效、亚高效和A,B、C、D高效过滤器等。
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