洁净室的气流组织与一般空调房间的气流组织相比，有着明显不同。所谓气流流型就是车间净化公司对洁净室内空气的流动形态和分布进行合理的设计。

车间净化公司将洁净室气流流型的特点可以总结为：应考虑避免或减少涡流，减少二次气流，有利于迅速有效地排除污染物；应尽量限制和减少室内污染源散发的尘和菌的扩散，维持室内生产环境所要求的空气洁净度等级；兼顾维持室内的温、湿度及工作人员的舒适要求。

洁净室的气流流型主要分为三类：非单向流、单向流、混合流，单向流是指沿单一方向呈平行流线，并且横断面上风速一致的气流，曾经被车间净化公司称为“层流”等；非单向流是指不符合单向流定义的气流，曾经被称车间净化公司为“乱流”等；混合流是由单向流和非单向流组合的气流。

单向流洁净室的气流是从室内的送风一侧平稳地流向其相对应的回风一侧。因此，单向流洁净室的主要特点表现为：将污染源散发出的尘、菌污染物在末向室内扩散之前就被压出室外，洁净空气对污染源起到隔离作用，隔断尘、菌污染物向室内扩散。

单向流流型分为水平单向流和垂单向流。水平单向流的形式：一面侧墙满布高效过滤器送风口送风，相对侧墙满布回风格栅(或送风机中效过滤器)回风。送入的洁净空气沿水平方向均匀流向回风墙。

水平单向流洁净室的特点是：所需建筑层高不太高，便于布置灯具，高效过滤器安装、更换比较容易，但需洁净室两端长度较长，沿气流方向的空气洁净度不同，下风侧空气被上风侧的设备、人员污染等。车间净化公司将水平单向流一侧回风气流用于生产辅助房，经周密布置可减少面积和运行费用。水平单向流双侧回风方式，可确保产品生产工艺关键部位的空气洁净度等级，也可以缩短洁净厂房长度，回风气流也可以用于生产辅助房间，车间净化公司与业主的产品生产工艺入员紧密配合，精心布置，可以减少洁净厂房面积和总送风量，降低投资和运行费用。

垂直单向流的形式，顶棚满布高效过滤器送风口送风，格栅地板或侧下回风目前对“典型”或“全面”单向流气流型方式的定义，即顶棚是否满布高效过滤器的说法不一，美国环境科学学会将单向流送风面积在80%以上的单向流方式称为全面单向流方式，而有的资料介绍顶棚上一般占其面积60%布置高效过滤器时，也被称为垂直单向流洁净室。