目前，洁净车间技术已应用于许多行业，尤其​​是在医院，制药厂，医疗设备，检验检疫，食品加工和实验动物中，都有大量的新建和改建洁净工程。由于市场的需要，大量的非专业人员进入到这个行业。许多工程技术人员由于对各个行业的特殊性和自身的施工能力缺少细致的了解，在设计中不可避免地存在许多缺陷。

1.设计人员知识结构缺陷

洁净车间设计人员不仅应该对自己所选用的设备有全面的了解，还应该对所有能对系统泄漏量产生影响的因素，洁净车间中，包括施工单位的施工水平有所了解，对送风适当地留有一定的设计余量是非常必要的。

2.回风系统中的问题

在压力控制方面，回风系统的设计很重要，特别是回风口的计算。要合理的布置回风口，应全面的考虑净化系统的综合性能。回风系统的设置不单要把回风引回循环机组，还要参与系统压力的控制。洁净车间设计中突出的问题是片面强调房间内的气流分布均匀，从而盲目的增加回风口的数量，大量使用相同尺寸的回风口，而不考虑采取相应控制措施。由于回风口面积的增大，无形中增加了回风量的控制难度，易导致正压无法形成。

3.排风系统中的问题

设置排风系统的目的大致可以分成两种:一是要满足工艺要求，排出变质的气体(如高含尘及有机物、高温高湿气体);二是要满足系统要求，即补充新风。排风量的计算是一个比较复杂的过程，把它简单化了就不会达到预期的效果。在实际工作中往往最容易忽略的就是系统中还存在泄漏量问题，负压系统特别是在一些施工质量较差的工程上这个问题尤为突出。

排风系统的洁净车间设计应该侧重于它的合理性。满足工艺要求的排风，排风位置的选择很重要，要科学设置排泄点，有效减少排风风量是排风系统设计的宗旨。满足新风量的要求主要是通过在系统中加一些排风实现;但不能一概而论，当建筑物和通风系统的泄漏量足够大时，再设置排风就是多余的了，在设计时要对这方面有细致的了解。

负压洁净车间系统排风在计算排风量时最容易忽略的是建筑物的泄漏量，同时洁净车间中，排风系统的阻力也是不可忽视的因素，不能只计算排风的风量而不考虑风机压头的选择。

4.洁净车间的新风系统中的问题

计算新风量时不能忽略整个系统的泄漏量问题，理论计算值和实际测定值的差别有时相差很悬殊，这和工程的各个环节有关。现在许多工程都大量使用集中新风系统，一个新风机组要供应几个甚至十几个循环机组的新风，如果每个循环系统都有风量选用误差，那新风机组在风量选用上的误差就会相当大。另外，有些工程在新风口和新风管道的设计上尺寸偏小;有些业主限制了建筑物上开洞的尺寸，这样在设计时要采取补救措施，不应在发现新风量不足时再想办法解决。

5.严格验收

工程验收是洁净车间建造的一个必要环节，在净化工程设计时就应该考虑到。要合理的设置检测孔，不要认为有了就行。检测孔的位置和相应的留有足够长的稳定段是关键所在。