在空气洁净工程构成及其作用的总结和分析基础上，可以把空气洁净工程技术的基本工作原理概括如下:由送风口(装高效过滤器)把经过净化处理的来自送风管路系统的洁净空气送入洁净工程。

洁净工程内产生的灰尘细菌被清洁空气稀释，并被迫从回风口进入回风管道系统。在空调机组的混合段与从室外引入的经过初步过滤的新风混合，再经空调机组初、中效和送风口高效三级过滤后又送入洁净工程。洁净工程空气经过如此反复循环，就可以在相当一个时期内把污染控制在一个稳定的水平，保持一个适宜的洁净度等级。洁净度水平的高低，除由净化空调系统三级过滤效果控制外，还由换气次数控制。

换气次数是通过房间的干净空气量的倍数，单位为h。换气次数越大，洁净度级别越高。《洁净厂房设计规范》和GMP(1992)给出了动态下的最低换气次数:1万级20次、10万级15次。

这里指出，单靠三级过滤是解决不了细菌污染的，它需要借助于洁净工程的消毒处理(用酒精)和风管系统的臭氧灭菌处理。

空气管道系统分为送风系统和回风系统。送风管道系统由送风管道，空气阀（调节阀），静压箱（送风口）和高效过滤器（安装在送风口上）组成，其主要作用是把从空调机组来的经初、中效过滤并进行了降温除湿或加温加湿的净化空气再经高效过滤器进一步过滤净化后输送到各洁净工程。同时，它也是送风量的控制系统。高效过滤器是空气过滤净化的最后一关，一般指标为:初阻力≤250 Pa，钠焰效率(≥0.5μm)99.9%。

回风风管系统由可调回风口、风管、风阀(调节阀)组成，主要作用是把洁净工程内用过的空气返回到空调机组新风回风段，新风混合后以便再次进行过滤净化和降温除湿或加温加湿处理。同时，它也是调控洁净工程内压力的系统。当各房间总送风量确定后，通过调节回风量来保持洁净工程的室内压力。

回风系统的风道的传统设计主要由优质镀锌钢制成，空气导管的铁片用隔热材料绝缘。施工速度慢，工期长。现在有些净化工程企业开始使用双铝箔复合材料，需要说明的是，出于消防考虑，在送回风风管与空调机组衔接的主管上装有防火阀，其作用是在着火后能通过及时关闭防火阀切断送回风系统，达到消防目的。它对于空气净化是没有作用的。